A livello orizzontale la Confederazione è strutturata in quattro Federazioni nazionali di categoria. Tre per il settore della conduzione diretta (Federazione dei Proprietari conduttori, F. degli Affittuari Conduttori, F. dell? Impresa familiare Coltivatrice che inquadrano rispettivamente proprietari conduttori, affittuari conduttori e diretti coltivatori a qualsiasi titolo) ed una Federazione per il settore della conduzione associata (Federazione delle Forme associative, che inquadra i concedenti di beni a conduzione associata o gestiti in forma societaria).

Al proprio interno, per quanto riguarda l?ordinamento economico, la Confagricoltura ha istituito le Federazioni Nazionali di Prodotto (che, a loro volta, si articolano sul territorio in Sezioni regionali). Hanno la funzione di promuovere, assistere e coordinare le attività economiche per i singoli prodotti o settori di produzione, definendo per gli stessi gli indirizzi generali o particolari. Le Federazioni di prodotto istituite, per i singoli comparti, sono 22.